Anacondaがプログラムの実行を阻害した話？

連投すみません．

SSDに換装したPCでもう一度OpenCVを入れなおしてプログラムを走らせたところ
よくわからないエラーに悩まされました．
参考にした記事はこれ．
ossyaritoori.hatenablog.com

それでエラー文で探したところ，環境変数からanacondaのpathを消せとのこと．
/home/User/anaconda3/lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by ./aseprite) · Issue #1281 · aseprite/aseprite · GitHub
消したらうまく行きました．
anacondaでいろいろ導入しようと思った場合どうするんだろう？

ますますわからなくなったのでした．
自力で入れたpythonに対してあとからanacondaを導入するのはありかナシか．
誰かおしえてください．